Repêchage : Sélectionné en 38e ronde (1160e au total) du repêchage d’entrée de 2009 par les Cubs de Chicago

Transactions :
14 décembre 2009 : Renouvelle son contrat avec les Cubs de Chicago
8 juillet 2010: Mis sous contrat par les Capitales de Québec

Carrière professionnelle

Saison 2009 (Capitales de Québec)
Grâce à une moyenne de .611 avec deux circuits et quatre points produits à ses cinq premières parties, Wagner s’est attiré beaucoup d’éloges dans le baseball affilié… Il n’a eu besoin que de deux semaines dans la Ligue des recrues avant de recevoir une promotion pour un calibre plus relevé… À Boise, il a poursuivi sa vague de puissance avec cinq circuits en 31 parties… Polyvalent, Wagner a joué au troisième but, au premier but, au champ gauche et au champ droit pendant la saison…

Saison 2010 (Capitales de Québec)
Libéré par les Cubs de Chicago après seulement quelques parties, Wagner s’est trouvé une niche avec les Capitales à partir de la mi-saison… Utilisé à toutes les sauces, principalement comme voltigeur de gauche, le jeune Canadien est devenu l’un des plus dangereux frappeurs des Capitales… À son premier match à Québec, Bobby Wagner a frappé un coup de circuit de trois points… Il s’établissait alors comme l’un des favoris de la foule du Stade municipal… Du 16 au 24 juillet, il a traversé une séquence de 10 parties avec un moins un coup sûr, frappant pour .441 avec deux circuits et neuf points produits… Il a soutiré quatre buts sur balles dans une victoire contre Sussex le 12 août… Même s’il n’a disputé qu’une cinquantaine de parties, Wagner a terminé au troisième rang de l’équipe avec huit circuits… Wagner a lancé une manche en relève lors du dernier match de la saison régulière…Lorsqu’il se présentait au bâton, les amateurs scandaient « Bobby, Bobby, Bobby! »…